　奈良時代末に設けられた天台宗の道場が始まりで、保元元年に保元寺として信徒に開放された。戦国時代の15世紀に浄土宗に宗旨替えして法源寺と変更していた。
　転宗の経緯から芝増上寺との関係が深く、浄土宗内で別格の寺とされ、古今の著名人の墓がある。
　大正時代に、宗派はそのまま500年前の名称に戻って現在に至っている。