　図会は、この地は御代川氏の土地と書いている。しかし、絵柄には鳥居が立ち、祠があるばかりか稲荷も合祀されている。
　神祇官や神祇省まで設けて神道中心の宗教政策を取った明治政府は、私人が神社を設けることを許さなかった。先祖が日本武尊に貢献した御代川氏と時の権力との確執が容易に想像できる。
　昭和26年に制定された宗教法人法でも、礼拝施設が法人管理であることを宗教法人登記（税の特例などの根拠）の条件としている。この規定は、一般論として礼拝対象が自然物である宗教などを全く無視しているもので問題がある。少なくとも私人の財産である限りどんなに由緒があろうが登記できない、つまり所轄庁に届出できれないので未届けの新興宗教と同格に扱われている。
　このため、船橋市の文化課などでは、入日神社の情報はほとんど得られない。
　文化十年刊の葛飾史略では、入日神社が日本武尊が船を並べて上陸した場所とまで記されている（史実でなければそれだけ宗教的に深いことになる）のだが･････。